Ayhan Bilgen, 28 Ocak 1971 tarihinde Kars’ın Sarıkamış ilçesinde dünyaya geldi.
Azeri-Terekeme kökenli olduğu bilinmektedir.
Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi Kamu Yönetimi Bölümünden mezun olmuştur.
Hacettepe Üniversitesi Sosyoloji Bölümünde Yüksek Lisans yapmıştır.
Ankara MAZLUMDER Şube Başkanlığı ve MAZLUMDER genel yönetim kurulu üyeliği görevlerinde bulunmuştur.
Mayıs 2006 tarihinde Mazlum-Der 7. Genel Kurulu’nda, iki yıllığına genel başkan olarak seçilmiştir.
Bununla birlikte Özgür Gündem ile Evrensel Gazetelerinde köşe yazarlığı yapmıştır.
22 Temmuz 2007 milletvekiliği genel seçimlerinde Bin Umut Adayları kapsamında Konya’dan bağımsız milletvekili adayı olarak gösterilmiştir.
30 Mart 2014 tarihli Yerel seçimlerde HDP ‘nin Adana Seyhan ilçesinden başkan adayı olarak gösterilmiştir.
Haziran 2014 tarihinde HDP ikinci olağan kongresinde alınan kararla Genişlemeden Sorumlu Eş Genel Başkan Yardımcısı olmuştur.
2014 senesinde toplanmış olan Demokratik İslam Kongresi kurucularındandır.
7 Haziran 2015 tarihinde yapılan genel seçimlerde 25. Dönem HDP Kars Milletvekili olarak seçilmiştir.
1 Kasım 2015’te yapılan erken genel seçimlerde tekrar Kars’tan seçilerek 26. Dönem Kars Milletvekili olmuştur.
Ayrıca HDP grup başkan vekilliği ile MYK üyeliği yapmıştır.
2015 yılının Ağustos ayında HDP’nin ilk parti sözcüsü olmuştur.
2015 yılının Aralık ayında İstanbul’da toplanan 2. Demokratik İslam Kongresi Koordinasyon Kuruluna seçilmiştir.
Bununla birlikte TBMM 26. Dönem TBMM İnsan Haklarını İnceleme Komisyonu Katip Üyeliği de yapmıştır.
31 Ocak 2017’de Diyarbakır’da tutuklanan Ayhan Bilgen ile ilgili olarak, ”Terör örgütü üyesi olmak’, ‘Suç işlemeye alenen tahrik’ ve ‘Halkı kanuna aykırı toplantı ve gösteri yürüyüşüne kışkırtma’ iddialarından 11 yıldan 25 yıla kadar hapisle cezalandırılması talep edilmiştir.
2019 yılında gerçekleşen Yerel seçimlerde HDP’den Kars belediye Başkanı olarak seçilmiştir.
2 Ekim 2020’de tutuklanmış ve makamına kayyum atanmıştır.
Bilgen, Türkiye’nin Sesi Altınçağ Partisi’nin Genel Başkanlığını yapmaktadır.
